Er war der erste, der Marinechronometer mit hoher Ganggenauigkeit bauen konnte. Die Genauigkeit dieser Uhren war deshalb so wichtig, weil damit eine genaue Positionsbestimmung von Segelschiffen möglich war. Bereits 1735 stellte er die erste Uhr dieser Art vor. Das 1714 ausgesetzte hohe Preisgeld für die Lösung des Längenproblems wurde ihm jedoch bis kurz vor seinem Tod vorenthalten.

John Harrison war mit einem anderen berühmten englischen Uhrmacher, George Graham, befreundet, der seine Arbeit förderte und auf verschiedene, auch finanzielle Weise unterstützte.